Druhý ročník Plzeňského varhanního festivalu úspěšně navázal na ten první. Tentokráte se svými koncerty zúčastnili Jakub Janšta, Eva Bublová a americká varhanice Joan DeVee Dixon. Festival doplnila přednáška prof. Jitky Chaloupkové o významných varhannách plzeňské diecéze.
Druhý ročník Plzeňského varhanního festivalu probíhal od 27. dubna do 20. června 2009. Navázal na svůj úspěšný první ročník. Oproti němu se však povedlo rozšířit nabídku koncertů a získat přední české i zahraniční umělce. Festival zahájil Jakub Janšta, který si na svůj koncert vybral díla J. S. Bacha, Carla Czerneho a Sigfrida Karg-Elerta.
Podruhé v rámci festivalu zazněly varhany v katedrále sv.Bartoloměje 4. května. Eva Bublová zahrála na svém koncertě skladby od W.A.Mozarta, D.Buxtehuda a F.Mendelssohn-Bartholdyho.
18.5. se za varhany na plzeňské katedrále posadil Jaroslav Tůma. Program svého koncertu složil z děl J. S. Bacha, M. Regera a Ch. Widora.
Druhý ročník festivalu zakončila svým koncertem Joan DeVee Dixon z USA. Kromě skladeb Sylvie Bodorové,Emmy Lou Diemer, Williama Bolcoma zahrála i vlastní skladby. Na hoboj ji doprovázela Kristen Cooper.
Druhý ročník festivalu byl obohacen přednáškou prof. Jitky Chaloupkové o významných varhanách plzeňské diecéze. Po skončení koncertů si mohli návštěvníci katedrály prohlednout výstavu fotografií těchto varhan.